La storia della fondazione del monastero S. Bernardino di Viterbo, in origine dedicato a Sant’Agnese, si lega alla figura di San Bernardino da Siena che nel 1426 si recò a Viterbo per la predicazione quaresimale. Con i suoi sermoni, nei quali cercava di diffondere tra il popolo la devozione al nome di Cristo, il frate invitata alla penitenza ed esortava le donne della città ad abbracciare la forma di vita proposta del Terzo Ordine di S. Francesco, che già la contessa Angelina di Marsciano aveva fortemente diffuso. Fu proprio dietro la richiesta di Bernardino da Siena che Angelina invitò quattro consorelle dal monastero Sant’Anna di Foligno per fondare a Viterbo il monastero di Sant’Agnese.

Le monache, che nei documenti degli anni 1448-1454 vengono solitamente denominate come bizoche del Beato Bernardino o bizoche de San Verardino, intorno al 1459 iniziarono i lavori per l’edificazione della Chiesa, titolata a San Bernardino. Al santo senese fu intitolato nel 1469 anche il monastero, come risulta da un breve di Paolo II, che riconosceva ai Padri minori osservanti la cura spirituale delle monache.

La chiesa, ricostruita nel 1687 ad opera dell’architetto e stuccatore lombardo Giulio Spinedi, fu distrutta dai bombardamenti della Seconda guerra mondiale e ricostruita in forme moderne dall’architetto Rodolfo Salcini per poi essere consacrata il 21 gennaio 1960. Intitolata a Santa Giacinta Marescotti, la nuova chiesa ospita in una cappella laterale il corpo della santa che le monache avevano salvato dai bombardamenti.